Der Zunderschwamm wird als nicht giftig, jedoch als ungenießbar klassifiziert. Dass lässt sich vor allem auf seine harte holzige Konsistenz und den enthaltenen Bitterstoffen zurückführen. Jedoch wurde der Pilz seit dem Altertum auch innerlich verwendet. Dabei wurde der Pilz vermahlen oder zu einem wässrigen Extrakt verarbeitet. Beide Verarbeitungsformen sind durchaus genießbar bzw. sogar schmackhaft. Vor allem der Verzehr von Zunderschwammpulver als Teeaufguß und der Verzehr von Kräuterschnäpsen mit Zunderschwamm blieben bis in das 20. Jahrhundert erhalten. In Gegenden in denen Zunderschwamm intensive Verwendung fand, entwickelten sich Hausrezepte für „Zunderschnaps“ und Zunderschwamm-Tinkturen. Die medizinische Anwendung des Pilzes ist vermutlich sehr alt. Bereits Hippokrates von Kos (ca. 370 v. Chr.), der als Urvater der Medizin gilt dokumentierte seinen Einsatz zur Wundversorgung sowie seine blutstillenden und antiseptischen Eigenschaften.

Außerdem wurde er bis ins 19. Jahrhundert als blutstillende Wundauflage unter der Bezeichnung Fungus chirurgorum (Wundschwamm) in Apotheken verkauft. In der gleichen Aufbereitung des Pilzes fanden die Auflagen als Tamponaden Verwendung in der Zahnheilkunde, in der Gynäkologie und zur Behandlung äußerlicher Entzündungen sowie Hämorrhoiden. Der Zunderschwamm wurde nicht zuletzt in den traditionellen Arzneibüchern vieler Länder dokumentiert. In der Volksmedizin verwendete man den Pilz auch innerlich bei Blasenleiden, schmerzhaften Regelblutungen und zur Behandlung verschiedener Krebserkrankungen.

Die Chinesische Volksmedizin setzt den Zunderschwamm bei Lungenerkrankungen, Asthma und Magenverstimmungen ein, auch bei Speiseröhren-, Magen- und Gebärmutterkrebs. In Japan nutzte man den Zunderschwamm innerlich als Teezubereitung (Heißwasser-Extraktion) zur Behandlung bei Erkältungskrankheiten, Grippe, Bronchitis und Schwächezuständen. Eine Reihe von Forschungsarbeiten empfiehlt den Zunderschwamm außerdem bei Speiseröhren-, Magen-, und Gebärmutterkrebs. In Japan wird dem Zunderschwamm eine harntreibende und fiebersenkende Wirkung zugeschrieben und weitere Anwendungsgebiete sind Augenentzündungen, Lungentuberkulose und Verstopfungen.